在化學實驗室進行實驗時會大量使用化學藥品，實驗過程中發生的化學反應會產生廢氣、廢液、固體廢物，對環境造成污染。近年來，隨著人們環保意識和法律意識的增強，化學實驗室的污染問題備受關注。對于廢氣、廢液、固體廢物、噪聲、放射性等污染物排放頻繁、超出排放標準的實驗室，要安裝符合環境保護要求的污染治理設施，保證達標排放；嚴禁把廢氣、廢液、廢渣和廢氣化學品等污染物直接向外界排放。

為了降低實驗室對環境的污染，應把實驗室環保系統納入實驗室設計與建設中，使之成為實驗室必不可少的一部分，從而有利于貫徹落實各項實驗室環境污染的紡織措施，在保證實驗效果的前提下，用無毒害、無污染或低毒害、低污染的試劑替代毒性較強的試劑，在一些特定實驗要用到高毒性藥品時，一定要用封閉的收集桶收集廢液。全面推行綠色科學、清潔實驗。